之后，姬轩辕并没有去吞并其他部落，可那些大部落总是想要吞并了他，结果就是被姬轩辕所败，所吞并，这也使得姬轩辕部落越来越强大，别的部落一看，加入了吧，安全啊！
所以，便形成了一个巨大的部落联盟，与神农、蚩尤三足而立。
到了此时，部落都不敢大战了，因为大家的势力都很强，真的发生大战绝对惊天动地，而且会被其他人所趁，所以大家聪明的停了下来，姬轩辕更是明白，神农才是现在的人族共主，他是出去寻找治疗人族疾病的方法了，不是死了，等他回来，找到了治疗人族疾病的方法，声明毕竟更甚，自己挥下那些人族，也必定更加听从神农的话。为了不使自己部落崩溃，姬轩辕在平定战乱后，马上向陈都臣服，表示了恭敬。
相比他，蚩尤就要嚣张多了，这就是是人巫后代，崇尚完全的实力，更是一向以巫自称，讨厌自身人族的身份。如此之人，又怎么会臣服于人族？他现在只是不动，等他解决了自家部落的后患，必定再启征伐。
另一边，神农依旧满是创伤的尝试百草，当他吃下断肠草时，体内如寸寸断裂，痛不欲生。本来，他以为自己要死了，可一个老道士出现在他的面前，对他微微一笑，随意打出一片青光笼罩在他的身上。如此，他体内毒素消失，反而因祸得福，被毒素洗练了身躯，成就了万毒不侵之体，并可借助毒素快速修炼，提升自己修为。
只是神农却没有入道，不懂这些。那老道士懂，所以他说了：“贫道玄都，乃太清圣人老子门下，今来此特为救人主性命。神农，你可愿拜入我之门下？”
神农大喜，当即叩拜。
玄都哈哈大笑，挥手托起神农，在此为他讲道。神农不愧是人族共主，聪慧非常，玄都所讲的东西他竟是懂了一大半，本来他这个没有任何修为的人，在短短几年时间却是成就了仙人之身。只是与一般的仙人不同，他现在满身毒素，肚子更是成了水晶度，凡是入体之物，无不被他一眼看清。
此为神农之特殊仙体，也正是托那他无数毒素的服。玄都很是满意。他拿出一条黑色长鞭，道：“此为褚鞭，乃老子圣人炼制，可辨天下草木精灵，对尔而大用处，你拿去吧。”给了宝物，玄都又给了神农炼丹、制药之术，让神农好好研习，然后便走了。而神农也凭借自己仙人的修为，特殊的身体，特殊的宝物，快速的在山中寻找对人类有助益的药草。
等他终于编注成百草经时，神农大喜，仰天长啸不止，那厚厚的兽皮手册，被他是为宝物，而老天爷也在此时奖励了神农，给了他偌大功德，使得他仙人修为直接飙升了到了金仙境界。
神农如此大的动静自然引来了多方关注，别人大多都是看戏、考究的成分，可落到姬轩辕与蚩尤眼中，却是不同了。
神农成仙了，还是金仙，看那功德，是天道奖励啊！这让他们知道，神农必定是编成了百草经，就要回来了。
为了不使自身势力崩塌，两人加快了整顿自身势力的步伐，而神农也飞回了部落之中，一脸欣喜，可当他知道，人族因他的离去发生的那些事情后，他再也高兴不起来了，更加让他痛苦的是，自己的女儿女娃不知所踪，妻子听訞因女儿之事郁郁而终。
这些事情加起来狠狠的打击了神农。他再也无心整理政事，一个人整天的唉声叹气。好在他带来了百草经与炼丹制药之术，人族也都沉浸在这两术之中，没有注意到神农的不对。只有他的儿子炎居明白，可他如何劝说父亲。在他心中，也是怪责父亲的，若不是父亲离开，家里哪会出这么多的事情。
慢慢的，神农重新振作了，可面对此时之人族，他也没有办法，不过神农是大气度之人，他为了人族，想出了一个办法，那就是传位。
他与人族众多长老商量，最后大家共同决定，传位姬轩辕，让他成为新的人主。
此事一出，姬轩辕乐了，蚩尤怒了。只是在这人族大事之上，他根本就没有发话的权力，便是再强那又如何？除非他反叛，不然就得听从神农与众位长老的话。而且现在的蚩尤虽然张狂，却也不曾动了叛乱之心，他只是不甘自己被人骑在头上罢了。
神农的传位是顺利的，在他放下一切的时候，修为再做突破，进入了太乙境界，并被玄都带往火云洞。可是，神农心中也放不下的东西，那就是他的儿子炎居与不见了的女儿女娃。这是他心中的愧疚与遗憾，他临走前告诉炎居，一定要找到女娃，一定！
他却不知，他这一句话却是惹来了不小的祸端。
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